Taman Nasional Manusela

Kekayaan flora yang dimiliki TNM berupa 187 jenis/genus dari 55 famili diantaranya 97 jenis anggrek dan 598 jenis paku-pakuan (pakis), dimana terdapat jenis endemik paku binaya (Cyathea binayana).

Jenis vegetasi yang ada di TNM merupakan keturunan flora Asia/Sulawesi yang mempunyai beberapa unsur Australia-Papua. Jenis flora zona Australia yang terdapat dalam kawasan ini antara lain Eucalyptus spp.., sedangkan jenis flora khas Asia meliputi Shorea selanica (Dipterocarpacea) yaitu jenis meranti yang pertumbuhannya paling timur Indonesia, nyamplung (Calophyllum inophyllum), langsat hutan (Aglaia argentea), durian (Durio spp.) dan lain-lain.
Jenis-jenis vegetasi yang ada di TNM terdiri dari hutan mangrove dan hutan pantai (0-5 m dpl), hutan dataran rendah (5-100 m dpl), hutan hujan primer dataran rendah (100-500 m dpl), hutan hujan primer pegunungan (500-2.500 m dpl), lumut (2.500-2.600 m dpl). Selain itu terdapat daerah enclave di daerah pegunungan dan savana buatan (man made savanna) di dataran Pasahari dan sekitarnya.
Vegetasi hutan mangrove ditandai oleh jenis pedada (Sonneratia alba), bakau (Rhizophora apiculata), bidu (Bruguiera sexangula), api-api (Avicennia officianalis) dan nipah (Nypa fruticans). Vegetasi ini letaknya tepat di belakang pantai berpasir yang agak tinggi dan merupakan jalur sempit. Perkembangan terbaiknya berada di sekitar tanjung Wae Mual dan sungai Wae Isal. Dibelakang jalur mangrove pada rawa dataran rendah
terdapat jenis-jenis butun darat (Barringtonia recemosa), beringin (Ficus nodosa) dan pulai (Alstonia scholaris).
Perkembangan terbaik vegetasi hutan pantai di sepanjang pantai bagian utara dengan jenis-jenis yang mendominir antara lain tapak kuda/katang-katang (Ipomoea pescaprae), rumput jara-jara (Spinifex littoralis), ketapang (Terminalia catappa), pandan (Pandanus sp.), dan cemara laut (Casuariana equisetifolia).